Bakterier er en af de mest interessante mikroorganismer inden for alle dem, der studeres fra mikrobiologi. Undersøgelserne, der har disse mikroskopiske og encellede væsener som hovedpersoner, har generelt en direkte indvirkning på forskellige områder af interesse for videnskab og alle former for menneskelige aktiviteter, fra medicin til landbrug.
Hvis vi overvejer ernæring af prokaryoter, finder vi alle de muligheder, der findes i levende væsener. Ikke overraskende er bakterier de første organismer, der findes på Jorden, og i de milliarder af år, de har udviklet sig, har de tilpasset sig alle mulige ernæringsmidler og former.
Heterotrofer, de fleste prokaryote celler er heterotrofe. Det vil sige, de får deres mad ved at inkorporere organisk materiale dannet af andre levende væsener. Af disse er de fleste saprofytter, hvilket betyder, at de lever af dødt organisk materiale og dermed bidrager til genanvendelse af sagen i økosystemer.
De kan udføre aerobe katabolismer - med anvendelse af ilt - og anaerobt gennem gæringer, hvoraf mange er nyttige i vores industrier.
Der er heterotrofe bakterier, der lever associeret med andre organismer med gensidig fordel, så de ville være symbiotiske. Et tydeligt eksempel er Escherichia coli, en bakterie, der lever i den menneskelige tarmkanal. Mange planteædere kan drage fordel af cellulose takket være den mikrobielle flora i deres fordøjelseskanaler, der indeholder enzymet cellulase. En anden symbiose er, at nogle planter har bakterier, der fikserer atmosfærisk kvælstof (Rhizobium), hvor planten drager fordel af en del af kvælstoffikset, der er fikseret af bakterierne, som igen drager fordel af en del af plantens sukker.
Mange andre er parasitter, de drager fordel af det organiske stof fra det andet levende væsen, der forårsager det tab; dette er tilfældet for alle patogene bakterier, der forårsager sygdom. Nogle patogener (chlamydia, rickets og nogle mycoplasmas) har forenklet deres struktur og kan kun reproducere inden i en anden celle: de er obligatoriske parasitter.
Inden for den eksotiske gruppe myxobakterier, en type glatte bakterier, der har evnen til at samle flere celler for at danne strukturer, der tillader dem at migrere, inkluderer de nogle, der er rovdyr for andre bakterier.
Bakterier lever af disse ressourcer, og som vi har bemærket, er deres overlevelsesstrategier meget varierede. Uden tvivl er de alle et eksempel på evolutionær tilpasning gennem historien, og de er det fortsat den dag i dag og har en grundlæggende rolle i vores planets natur og livscyklus.