Oprindelsen til mikroskopet blev givet, at de gamle vidste, at det at se gennem buede spejle eller glaskugler med vand fik små ting til at se med forstørrelse. Det er da de første årtier i det syttende århundrede begyndte at udføre test med linser for at opnå en større forstørrelse af objekterne. Til dette var de baseret på det første instrument lavet med linser, der havde stor succes " teleskopet ", der blev brugt for første gang i astronomiske formål af Galileo i år 1609.
I begyndelsen af det 20. århundrede blev fremstillingen af dette hovedsageligt koncentreret i Tyskland, og i de følgende år blev der udviklet fasekontrast, fluorescens, holografi, interferens, røntgenstråler, ultraviolet lys, metoder med elektroner og protoner. Computeriserede mikroskoper blev også udviklet til kvantificering, kvantificering og tredimensionel analyse, disse instrumenter åbnede mange felter inden for mikroskopi. Fra 1660 til i dag har det optiske mikroskop været den grundlæggende søjle for studiet af det usynlige. Skønt dens opløsning steg over tid med forbedring af linsernes kvalitet såvel som forstørrelseskraften.
I 1930 blev den submikroskopiske verden udvidet med oprettelsen af elektronmikroskop, hvis hovedforskel i forhold til det optiske mikroskop er stigningen på 1000 gange mere i forstørrelsesfasen af det observerede materiale ledsaget af en bedre opløsningskapacitet, der genererer bedre definition og forstørrelse i mikroskopisk verden.
Der er to typer grundlæggende elektronmikroskoper , begge blev opfundet på samme tid, men de udfører forskellige funktioner, disse er:
- Transmissionselektronmikroskop (MET): dette er ansvarligt for at projicere elektroner gennem et tyndt lag af materiale eller væv, der skal observeres, hvilket reflekterer et billede på en phosphorescerende skærm.
- Scanning elektronmikroskop (SEM): dette producerer et billede, der giver indtryk af at være i tre dimensioner. Dette mikroskop bruger tre eller to punkter, hvor elektronerne i prøven ankommer, der scanner overfladen af prøven for at observere.
De fleste af pionererne inden for elektronmikroskopi inden for biologi lever stadig, og de vigtigste er: Albert Claude, Earnest Fullam, Don Fawcett, Charles Leblond, John Luft, Daniel Pease, Keith Porter og George Palade.