De repræsenterer foreningen af to eller flere aminosyrer gennem en forbindelse mellem originalen og peptiderne. I produkter og proteiner er disse bindinger relateret til peptidbindinger og resultatet af reaktionen af carboxylgruppen med aminogruppen i en anden med eliminering af et vandmolekyle.
Den peptid- binding (-CO-NH-) er normalt repræsenteret som en enkeltbinding. Uden har dog et antal egenskaber, der tilnærmes som en dobbeltbinding. Da nitrogen er mindre elektronegativ end ilt, har CO-bindingen 60% dobbeltbindingskarakter, mens CN-bindingen er 40%. Derfor har peptidbindingens CO- og NC-bindinger mellemliggende karakteristika mellem enkeltbindingen og dobbeltbindingen. Faktisk er de interatomiske afstande målt i CO- og CN-bindingerne mellemled mellem enkeltforbindelserne og dobbeltbindingen. Dette atomarrangement er stabiliseret ved resonans, således at de seks atomer, der er involveret i dannelsen af peptidbindingen, er indeholdt i det samme plan.
En anden vigtig konsekvens af resonans er, at den øger polariteten af peptidbindingen og etablerer et dipolmoment (højre figur i tabellen ovenfor). Af denne grund kan hver peptidbinding deltage i to hydrogenbindinger. I en af dem fungerer -NH- gruppen som en hydrogendonor, og i den anden fungerer -CO- gruppen som en hydrogenreceptor. Denne egenskab bidrager væsentligt til den tredimensionelle foldning af proteiner, som vi vil se senere.
Den delvise natur af dobbeltbindingen forhindrer fri rotation af den binding, der forbinder C- og N-atomer i peptidbindingen. Denne stivhed af dobbeltbindingen begrænser peptidernes konformationsmuligheder. Der er to mulige konfigurationer:
- Cis-konfiguration: de to Ca'er er på samme side af dobbeltbindingen.
- Trans-konfiguration: de to Ca'er er på en anden side af dobbeltbindingen.
Det skal bemærkes, at peptidbindingen generelt er repræsenteret som en enkeltbinding. Under alle omstændigheder har den flere egenskaber, der gør det tæt på en dobbeltbinding. Derfor nævner specialister generelt, at en peptidbinding har egenskaber, der placerer den halvvejs mellem en enkeltbinding og en dobbeltbinding.
