Katakomber kom fra Romakatakomberne, et navn, der oprindeligt blev givet til en gammel kirkegård, der ligger ikke langt fra Appian Way. De uskyldige kirkegård (nær Saint-Eustache, i Les Halles-området) havde været i brug i næsten ti århundreder og var blevet en kilde til infektion for lokalbefolkningen. Efter talrige klager besluttede statsrådet den 9. november 1785 at forbyde den efterfølgende brug af de uskyldige kirkegård og fjerne dens indhold.
De nedlagte stenbrud blev valgt til at modtage resterne; den byen af Paris havde netop afsluttet en generel inspektion af stenbrud at styrke de offentlige veje undermineres af dem. Byggeriet blev udført i stenbruddet "Tombe-Issoire" ved hjælp af store mængder sten, styrkelse af gallerierne og færdiggørelse ved udgravning af en trappe, flankeret af en hul, hvor knoglerne kunne kastes.
Overførslen af resterne kunne begynde efter velsignelsen og indvielsen af stedet den 7. april 1786 og fortsatte indtil 1788, altid i skumringen og efter en ceremoni, hvor en procession af præster i overskydende sang de dødes tjeneste. langs ruten ved vognene fyldt med knogler, som var dækket af et sort slør. Derefter indtil 1814 modtog stedet resterne af alle kirkegårde i Paris.
Der var andre grunde, der førte til valget af underjordiske udgravninger. I de kristne, den følelse var af fællesskab levet med stor kraft: de også ønskede at være sammen i " drømmer om døden ".
I henhold til romersk lov var begravelse af den afdøde inden for bymuren forbudt, alle katakomber var placeret langs de store konsulære veje og generelt i den tidlige forstæder.
Katakomberne i Paris genåbnet på juni 14, 2005, efter flere måneders lukning for byggeri. Belysningen er blevet justeret, hvælvingerne er blevet forstærket, og knoglevæggene omplaceret.