Etymologisk er ordet antigen af græsk oprindelse. Præfikset "anti", der betyder modsat og "geno", der refererer til at generere. Antigen er det stof, der, når det introduceres i kroppen, får det til at fremstille antistoffer for at bekæmpe det. Eksempel: vira, svampe, parasitter osv. Antigener er næsten altid fremmede og giftige partikler, der, når de straks kommer ind i kroppen, binder til et bestemt antistof, dette antistof har evnen til at ødelægge det.
Der er andre meninger om, hvad et antigen kan være, det siges, at det er et ekspertmolekyle, der forårsager et respons i immunsystemet gennem aktivering af lymfocytter, disse er ofte af proteinoprindelse, selvom de også kan være kulhydrater. For at klassificere antigener skal vi kende deres natur, når vi først bestemmer deres oprindelse, kan vi klassificere dem på følgende måde. De eksogene antigener er dem, der kommer ind i kroppen udefra, for eksempel gennem en injektion, indånding eller gennem indtagelsen.
De endogene antigener er dem, der er produceret i midten af en celle på grund af virus- og bakterieinfektioner, når dette antigen er til stede i cellen, genkendes af lymfocytter, blev aktiveret og begyndte at udskille et toksintidsfald døden af den inficerede celle. Auto-antigener er dem, som immunsystemet identificerer, og som ofte forekommer hos patienter, der lider af en eller anden form for autoimmun sygdom. De tumorantigener er dem, der er placeret på overfladen af tumorer.
