De anaerobe organismer er modsatte af aerobe organismer, de bruger ikke det diatomiske ilt til vækst, stofskifte og differentiering, disse arbejder med forskellige forbindelser, hvilket giver en underklassificering, hvis mikroorganismerne arbejder med en kemisk forbindelse kaldet pyruvat siger hans Metabolisme er fermenterende (de bruger fermentering), på den anden side er det et andet stof andet end pyruvat, hvis det siger, at det er en organisme, der praktiserer anaerob respiration.
Fermentering består i at opnå kemisk energi fra en katabolisk proces og ufærdig eller ufuldstændig oxidation af en organisk forbindelse, ifølge det endelige produkt kan den klassificeres som alkoholisk fermentering, da den genererer ethanol, mælkesyrefermentering producerer mælkesyre, smørgæring, blandt andre; anaerob respiration består på sin side af en transportkæde til elektroner, der normalt svarer til aerob respiration, men i stedet for at den endelige acceptor er ilt, ville det i dette tilfælde være en hvilken som helst forbindelse af uorganisk art.
Ligesom der er aerobe bakterier, findes der også anaerobe bakterier, som kan leve uden ilt, nogle af dem findes inde i menneskekroppen på steder, hvor der ikke er ilt til stede, såsom i tyktarmen, hvor de fungerer som putrefaktive bakterier. Fækalt stof kan klassificeres som: obligatoriske anaerobe bakterier, disse kan ikke vokse i områder, hvor ilt er til stede, da det er skadeligt og kan forårsage dets udslettelse, aerotolerante bakterier bruger aldrig ilt til deres metaboliske processer men kan leve i iltede miljøer, fakultative anaeroberde kan bruge ilt som den sidste elektronacceptor, men hvis de er i miljøer, hvor der ikke er ilt, bruger de gæringsvejen.
